В 1986 году Элтон Джон принял участие в записи альбома Rock The Nations, металлической группы Saxon's, записав партию клавишных инструментов для двух композиций с этого альбома.
В 1988 году он дал пять концертов в Мэдисон-Сквер-Гарден в Нью-Йорке. Общее количество выступлений артиста в этом концертном зале составило после этого 26, что позволило ему побить рекорд, принадлежавший до этого американской группе Grateful Dead. Однако этот год можно считать и некоторым переломом в карьере и личной жизни Элтона Джона. На аукционе Сотбис в Лондоне было выставлено на продажу более 2 000 предметов связанных или принадлежавших Элтону Джону, на общую сумму порядка $20 миллионов. Среди них была даже коллекция составляющая десятки тысяч музыкальных записей, которую Элтон Джон собирал и каталогизировал на протяжении многих лет. Сам певец признавал, что это было его своеобразное прощание со своим эксцентричным и бурным прошлым. В более поздних интервью, он говорил, что 1989 год был пожалуй для него самым тяжелым, и сравнивал свое состояние в этот период с полным моральным и физическим истощением Элвиса Пресли в последние годы его жизни.

Элтон Джон был глубоко потрясен историей Райана Вайта, подростка из Индианы, который был болен СПИДом. Вместе с Майклом Джексоном он принимал активное участие в судьбе ребенка, поддерживал его самого и его семью вплоть до трагической кончины Вайта в 1990 году. Находясь в подавленном состоянии Элтон Джон попадает в госпиталь в Чикаго в 1990 году, где проходит курс реабилитации по борьбе с наркотической зависимостью, алкоголизмом и булимией. После окончания лечения он теряет вес, совершает пересадку волос и перебирается в свою новую резиденцию в Атланте, Джорджия. В 1990 году Элтону Джону наконец удалось достичь первого место в Британском хит-параде, со своим синглом Sacrifice. Эта песня входила в прошлогодний альбом певца Sleeping With The Past. Сингл оставался на вершине хит-парада в течении шести недель.
В 1991 году выходит документальный фильм Two Rooms, в котором описывается творческий процесс по созданию песен тандемом Элтона Джона и Берни Топина Как показано в фильме Топин пишит стихи в одном месте, а Элтон Джон создает музыку в другом помещении. Во время творческого процесса, авторы никогда не пересекаются друг с другом. В этом же году выходит альбом-посвящение Two Rooms: Celebrating the Songs of Elton John & Bernie Taupin, в записи которого приняли участие многие знаменитые британские и американские исполнители рок- и поп- музыки. В 1991 году Элтон Джон достиг еще одного успеха, его композиция Basque получила награду Гремми в категории Личшая инструментальная композиция. Певец принял участие в записи Джорджа Майкла в его инерпритации песни Don't Let The Sun Go Down On Me. Эта работа вышла в виде сингла и заняла первые места в хит-парадах Великобритании и США. 24 ноября 1991 года скончался от СПИДа певец группы Queen и близкий друг Элтона Джона Фредди Меркьюри. Элтон Джон был один из немногих людей, приглашенных на церемонию погребения.
В 1992 году он основал организацию Elton John AIDS Foundation, которая должна была финансировать программы по борьбе со СПИДом. Он так же объявил о своем решении направлять все деньги заработанные от продаж синглов на территории Великобритании и США на расширение исследований связанных со СПИДом. В этом же году выходит его новый альбом The One, который достиг 8 места в американских хит-парадах, наивысшее достижение со времени выхода в 1976 году Blue Moves. Элтон Джон совместно с Топином подписывают в этом году контракт с компанией Warner/Chappell Music который оценивается в $39 миллионов сроком на 12 лет. На тот момент это был самый крупный конракт заключенный в истории поп-музыки. Элтон Джон принимает участие в концерте посвященному памяти Фредди Меркьюри, на котором исполняет вместе с Queen песни Bohemian Rhapsody и The Show Must Go On.
В сентябре того же года Элтон Джон исполняет песню November Rain совместно с групой Guns N' Roses. В следующем году выходит его альбом Elton John's Duets, который был записан им при участии 15 артистов представляющих самые разные жанры и направления в современной музыке. Одна из композиций представленных на этом альбоме — песня True Love, которую Элтон Джон исполняет с певицей Кики Ди, занимает 10 место в британском хит-параде, другой дуэт с Эриком Клэптоном Runaway Train, так же попадает в британские чарты.