В 2001 году, Элтон Джон получил приглашение принять участие в телешоу компании BBC под названием Have I Got News For You. Вначале он дал свое согласие, однако в последний момент передумал и отказался от участия в программе. Это произошло всего за несколько часов до её выхода в эфир, и продюсеры были вынуждены пригласить Рэя Джонсона, водителя такси из Голчестера, который иногда выступал в качестве двойника Элтона Джона. Во время программы он практически не произнёс ни слова, однако, когда программа пошла в эфир спустя 24 часа, его имя присутствовало в титрах, а имя Элтона Джона было оттуда убрано. В этом же году был снят фильм, который рассказывал о карьере певца с момента его появления на сцене, до начала 2000-х годов. Этот фильм назывался The Elton John Story, и прошел на канале VH-1 Classic, однако он так и не был выпущен отдельным диском или кассетой.
В 2001 году Элтон Джон исполнил дуэтом с Эминемом его песню Stan на церимонии вручения премии Гремми. Позднее эта песня появилась в альбоме Эминема Curtain Call: The Hits. До этого общественное мнение считало Эминема гомофобом, однако после сотрудничества с Элтоном Джоном, это мнение несколько изменилось. В этом же году он исполил песню Friends для фильма The Country Bears, а так же исполнил в этом фильме оду из эпизодических ролей.
В 2002 году британская группа Blue выпустила свою интерпретацию песни Элтона Джона Sorry Seems To Be The Hardest Word, в записи которой сам певец так же принял участие. Эта песня заняля первую позицию в британских хит-парадах, а так же в некоторых других европейских странах. Кроме того Элтон Джон стал причастен к успеху Тупака Шакура, который использовал отрывок из песни Элтона Джона «Indian Sunset», с альбома Madman Across The Water в Ghetto Gospel — сингле, возглавившем американские чарты. Песня «Indian Sunset» в последствии вошла в сингл Элтона Джона Electricity материал которого который певец написал в 2005 году для постановки Billy Elliot The Musical. Маркетинговый план нового сингла был организован очень необычно и эффективно. Более 75 % продаж составили загрузки через интернет, после того как пользователи получали доступ, приняв участие в викторине и ответив на вопросу с помощью текстовых сообщений посланных с сотового телефона. Electricity до сих пор остаётся одним из сымых успешных соло-синглов Элтона Джона на протяжении 2000-х годов.
Однако самым крупным успехом Элтона Джона в первое десятилетие XXI-го века следует признать песню Are You Ready For Love. Эта композиция осталась практически незамеченной, когда она впервые появилаь в конце 70-х, однако, когда она была переиздана в 2003 году, то сразу же заняла первые места в хит-парадах.
«Billy Elliot» оказался не единственным мюзиком, участие в котором принял Элтон Джон. Вместе с Берни Топином он принял участие в работе над постановкой по роману Анны Райс Lestad: The Musical. Однако эта постановка была враждебно встречена критокой, и была закрыта после 39 представлений.
Кроме того музыка Элтона Джона широко использовалась в кино. Одна из его песен Tiny Dancer записанная ещё в 1970 году, была использована в фильме «На пороге успеха» («Almost Famous»), который вышел на экраны в 2002 году. Другая его композиция The Heart Of Every Girl использовалась в фильме 2003 года «Улыбка Моны Лизы» («Mona Lisa Smile»).
2 июля 2005 года Элтон Джон принял участие в знаменитом концерте Live 8, прошедшем в лондонском Гайд-парке. В эом же году певец записал дуэт с австралийской кантри-певицей Катерин Бритт под названием «Where We Both Say Goodbye». Песня поднялась на 38 позицию в кантри-чарте журнала Биллборд.
10 ноября 2005 года вышел сборник Elton John's Christmas Party, для которого он исполнил две песни, а в записи остальных приняли участие артисты, которых он отобрал. Первоначально этот альбом продавался через сеть кафе Старбакс, и два доллара от каждой продажи шли в его благотворительную организвцию по борьбе со СПИДом (Elton John AIDS Foundation). 10 октября 2006 года этот альбом поступил в широкую продажу, однако 6 песен из первоначального списка (куда входила 21 композиция) были исключены. 7 февраля 2006 года вышел альбом-посвящение, записанный рядом артистов в Студии 99, под названием The Timeless Classics Of Elton John Performed By Studio 99.
19 сентября 2006 года Элтон Джон и Берни Топин выпустили очередной совместный диск, который явился как бы логическим продолжением знаменитого альбома Captain Fantastic And The Brown Dirt Cowboy, под названием The Captain & The Kid. Этот альбом включал 10 новых песен. Он так же интересен тем, что первый раз за всё время совместной работы, на диске были помещены одновременно фотографии Элтона Джона и Берни Топина. Альбом был благосклонно встречен критиками и его мировые продажи составляют на настоящий момент примерно 3.5 миллиона копий.